138 papers
Dit artikel toont aan dat, ondanks de enorme diversiteit aan mogelijke genennetwerktopologieën, alle netwerken die in staat zijn tot patroonvorming door extracellulaire signalering in drie fundamentele klassen en hun combinaties kunnen worden ingedeeld, die elk een specifieke logica en dynamiek delen.
Dit onderzoek identificeert microgliale PTPRG als een centraal transcriptioneel knooppunt dat neuronale signalen en inflammatoire dysregulatie integreert bij de ziekte van Alzheimer, waarbij een machine learning-model dat is getraind op pseudobulk-data van het ROSMAP-cohort, robuust generaliseert naar een onafhankelijke cohort.
Dit onderzoek toont aan dat er een breed geconserveerde overlap bestaat tussen genen die dagelijkse ritmes reguleren en genen die verantwoordelijk zijn voor gedragsplasticiteit bij mieren, zoals aangetoond door vergelijkende transcriptoomanalyses van de harvesterant *Pogonomyrmex barbatus* en de timmermierensoort *Camponotus floridanus*.
Dit artikel introduceert een niet-lineair gemengd-effectmodel met een op maat gemaakt schattingsmethode dat diverse data-types op enkelcel- en populatieniveau succesvol integreert, waardoor de identificeerbaarheid van parameters en de voorspellende nauwkeurigheid voor complexe biologische processen aanzienlijk worden verbeterd.
Deze studie introduceert de stochastische Boltzmann-machine (sBM), een nieuwe regularisatiestrategie die de inferentie van generatieve eiwitmodellen verbetert door multischaalcorrelaties nauwkeuriger te vangen, waardoor functionele en diverse eiwitsequenties kunnen worden gegenereerd zonder noodzaak aan post-hoc correcties.
Dit onderzoek gebruikt moleculaire dynamics-simulaties om aan te tonen dat het sterk geconserveerde CAR-motief functioneel en structureel verbonden is met het ribosomale A-site, waarbij sequentie-afhankelijke interacties een rol spelen in het afstemmen van de translatieverlenging op specifieke mRNA-sequenties.
Dit onderzoek toont aan dat een tijdsafhankelijke hypoxische geheugenfunctie, waarbij kankercellen hun invasieve kenmerken behouden na heroxygenering, tumorinvasie aanzienlijk versnelt door de dichtheid van hypoxische cellen aan de tumorrand te verhogen, hun gevoeligheid voor zuurstofschommelingen te verminderen en hun effectieve diffusie te stimuleren.
In dit onderzoek wordt met behulp van 63 klinische kenmerken uit de UK Biobank een 'IC-leeftijd' ontwikkeld om het sterfterisico per domein van intrinsieke capaciteit te schatten, waarbij proteomische surrogaten een raamwerk bieden voor het monitoren van functionele gezondheid.
Dit paper introduceert UQ-PhysiCell, een open-source Python-framework dat onzekerheidskwantificatie, kalibratie en modelselectie voor PhysiCell-agentgebaseerde modellen mogelijk maakt door een schaalbare, modulaire workflow te bieden die simulaties koppelt aan geavanceerde statistische analyse.
Dit onderzoek combineert kinome-profiling met machine learning om een mechanistisch onderbouwd raamwerk te ontwikkelen dat de harttoxiciteit van kinase-remmers voorspelt en inzicht geeft in de rol van onbedoelde kinase-remming bij cardiovasculaire bijwerkingen.
Dit artikel presenteert een AI-gestuurde workflow die grote taalmodellen integreert met SBML-gebaseerde modellering om kwantitatieve systemfarmacologie-modellen voor cel- en gentherapieën automatisch te reconstrueren, uit te breiden en te kalibreren, waardoor reproduceerbaarheid en schaalbaarheid worden verbeterd terwijl mechanistische transparantie en regelgevingsconformiteit behouden blijven.
Deze studie combineert transcriptomics en netwerkfarmacologie om CD44 als cruciale knooppunt in PCOS te identificeren en stelt via een computationeel raamwerk nieuwe therapeutische kandidaten, zoals flufenaminezuur en cytosporine B, voor.
Deze studie analyseerde het transcriptoom van bloed bij varkens om de dynamiek van de hitteacclimatisatie te onderzoeken en onthulde een biphasisch adaptatiemechanisme waarbij de korte termijn-fase wordt gekenmerkt door immuunactivatie en de langetermijn-fase door metabolische aanpassingen die leiden tot een stabiele lichaamstemperatuur.
Dit artikel presenteert een analytisch raamwerk dat aantoont hoe de topologie van genregulatienetwerken en een dimensieloos degradatie-productie-ratio ({beta}) de overgang van tijdelijke multistabiliteit naar stabiele ruimtelijke patroonvorming tijdens celdifferentiatie bepalen.
Dit artikel introduceert een stochastisch model dat aantoont hoe toestandsafhankelijke vertragingen in de activatie van eiwitten, gecombineerd met negatieve feedback, de fluctuaties in eiwitniveaus effectief kunnen reduceren en zo de stabiliteit van genexpressie vergroten.
Dit artikel presenteert een resource-competitiemodel dat de fitnesskosten van genexpressie in *Saccharomyces cerevisiae* kwantificeert door ze te ontleden in bijdragen van beperkende factoren zoals ribosomen en transcriptiefactoren, waarmee wordt aangetoond dat deze kosten voortkomen uit de processen van transcriptie en translatie in plaats van uit de producten zelf.
Deze studie toont aan dat viervoeters hun loopsnelheid en specifieke asymmetrische strategieën, zoals het buigen van het lichaam, het aanbrengen van zijwaartse krachten of het verschuiven van ledematen, combineren om effectief te draaien, waarbij de voorpoten een leidende rol spelen bij het sturen en de achterpoten de voortstuwing en stabiliteit regelen.
Dit artikel introduceert DIGEST, een ultrasensitief digitaal immunoassay dat fecale cytokines op attomolaire niveaus kwantificeert, waardoor niet-invasieve monitoring van darmimmuniteit en het voorspellen van ziekteactiviteit en therapierespons mogelijk wordt.
Dit onderzoek identificeert fosforylering van PAGE4 als een cruciaal mechanisme dat de pathogenese van MED12-gemuteerde baarmoederfibromen drijft door de interactie van PAGE4 met het transcriptieapparaat te herstructureren, waardoor het een veelbelovend therapeutisch doelwit en biomarker wordt.
Deze paper introduceert sRQA, een open-source R-pakket dat Recurrence Quantification Analysis uitbreidt naar discrete sequenties en de effectiviteit ervan demonstreert bij het analyseren van dynamische systemen in diverse domeinen zoals cardiologie, neuroimaging en spraakgedrag.