163 papers
Systeembiologie kijkt niet naar losse onderdelen van het leven, maar naar hoe al die delen samenwerken als één groot, dynamisch geheel. In plaats van alleen genen of eiwitten te bestuderen, proberen onderzoekers in dit veld de complexe netwerken te begrijpen die cellen en organismen in stand houden. Het is de kunst om het grote plaatje te zien, waar duizenden interacties samenwerken om leven mogelijk te maken.
Op Gist.Science volgen we nauwgezet elke nieuwe preprint op bioRxiv binnen deze discipline. Wij verwerken elk onderzoek direct na publicatie en bieden zowel een toegankelijke samenvatting in gewone taal als een gedetailleerde technische analyse, zodat zowel leken als experts de inzichten kunnen benutten. Hieronder vindt u de meest recente bijdragen aan dit snel evoluerende veld, direct van bioRxiv en nu voor u uitgelicht.
Dit artikel introduceert Signal Associa, een open-source framework dat genuante celkoppelingregimes identificeert door middel van geautomatiseerde stationarisatie en surrogaattesten, wat onthult dat hete colorectale tumoren globaal geïntegreerde, veldoverspannende NK-celnetwerken oproepen die celrekrutering versterken.
Deze studie toont aan dat -metabole fluxanalyse in *Escherichia coli* zeer gevoelig is voor subtiele variaties in de biomassa-samenstelling, met name de eiwit-RNA-verhouding, wat de kritieke noodzaak van een nauwkeurige biomassaformulering voor betrouwbare fluxkwantificatie onderstreept.
Localis-REX is een toegankelijk, algemeen protocol dat tijd-opgeloste, spatiofunctionele profilering van aangeboren reactieve elektrofiele metaboliet (REM)-responsieve eiwitten in levende cellen en *C. elegans* mogelijk maakt door gebruik te maken van lichtgetriggerde, gelokaliseerde REM-pulsen om specifieke targets te vangen voor proteomische mapping of functionele uitkomsten onder minimaal verstoorde condities.
Deze studie identificeert de TGFβ/SMAD3-signalering als de belangrijkste drijfveer van immuunresistentie bij blaskanker, waarbij wordt aangetoond dat het remmen van SMAD3 tumorcellen sensibiliseert voor T-celgemedieerde cytotoxiciteit door autofagie te onderdrukken en celdoodpaden te activeren.
Het artikel introduceert EL-PERTURB, een rigoureus benchmarkframework dat gestratificeerde out-of-distribution splits gebruikt om aan te tonen dat huidige modellen voor het voorspellen van genetische perturbaties er niet in slagen te generaliseren buiten hun trainingsdata, waarbij architecturale complexiteit geen voordeel biedt ten opzichte van eenvoudigere baselines.
Dit artikel presenteert een grofmazig dynamisch model van het metabolisme van zoogdieren, waarmee wordt aangetoond dat homeostatische feedbackarchitecturen, wanneer zij gekoppeld zijn aan adaptieve enzymregulatie en energetische kosten, een ervaring-afhankelijke metabole plasticiteit kunnen mogelijk maken die het herstel van herhaalde verstoringen verbetert, waardoor effectief probleemoplossend gedrag wordt vertoond.
Deze studie toont aan dat hoewel veelvoorkomende cis-regulerende varianten bijdragen aan verschillen in genexpressie tussen individuen met het syndroom van Down, zij niet verklaren waarom specifieke chromosoom 21-genen afwijken van de verwachte 1,5-voudige dosisaanpassing vergeleken met euploïde controles.
Deze studie toont aan dat een nauwkeurige reconstructie van de samenstelling van het darmmicrobioom uit ontlastingsproeven geen garantie biedt voor het behoud van beslissingsrelevante informatie voor precisie-interventies, waarbij wordt geargumenteerd dat meetstrategieën expliciet rekening moeten houden met compositionele geometrie, biologische representatie en specifieke downstream beslissingstaken, in plaats van uitsluitend te vertrouwen op compositionele accuratesse.
Dit artikel introduceert een "weefseltijdmachine"-benadering die gebruikmaakt van een virtuele bibliotheek van meer dan 50.000 simulaties om digitale partners te identificeren voor weefseldatasets van één tijdstip, waarmee succesvol de langetermijnuitkomsten van *Mycobacterium tuberculosis*-granulomen in niet-humane primaten worden voorspeld.
Deze studie toont aan dat in planaria de lijncommittement begint in actief cyclende neoblasten, terwijl terminale differentiatie en celbestemming-diversificatie strikt afhankelijk zijn van CDH1-gemedieerde celcyclusexit.